Under sit ph.d.-studium undersøgte Houcheng Li, hvordan genetisk regulering former komplekse egenskaber hos husdyr på cellulært niveau. Banebrydende projekter som Farm Animal Genotype-Tissue Expression (FarmG-TEx) konsortiet har i høj grad beriget den funktionelle og regulatoriske annotering af husdyrgenomer. En væsentlig begrænsning ved bulk-data er dog, at gennemsnittet af molekylære signaler på tværs af heterogene cellepopulationer skjuler celletype-specifikke regulatoriske mekanismer og reducerer muligheden for præcist at kortlægge genetisk variation til molekylære funktioner i veldefinerede biologiske sammenhænge.

I dette projekt blev single-cell-sekventering kombineret med computationel celletype-dekonvolution for at kortlægge genetisk regulatorisk variation med cellulær opløsning i kvæg og svin. Ved at integrere millioner af enkeltceller med tusindvis af bulk-transkriptomer identificerede Houcheng Li titusindvis af celletype-specifikke regulatoriske varianter og deres bidrag til økonomisk vigtige egenskaber, så som frugtbarhed, mælkproduktion og sundhed—indsigter som forbliver skjult i traditionelle bulk-analyser. Arbejdet koblede også disse celletype-specifikke molekylære fænotyper til genomiske regioner under stærkt selektionstryk og bidrog dermed til at forklare, hvordan genetiske varianter former racespecifikke egenskaber gennem præcise vævs- og celleafhængige mekanismer.

Ph.d.-studiet er gennemført ved Center for Kvantitativ Genetik og Genomforskning (QGG), Faculty of Technical Sciences, Aarhus Universitet.

Dette resumé er udarbejdet af den ph.d.-studerende.

Tid: tirsdag den 16. december 2025, kl. 13.00
Sted: AIAS Bygning 1630, Auditorium 201, Høegh-Guldbergsgade 6B, 8000 Aarhus.
Afhandlingens titel: Farm animal Cell Atlas (FarmCA): Udnyttelse af regulatoriske varianter og GWAS-loci på enkeltcelle-niveau.
Kontaktinfo: Houcheng Li, e-mail: houcheng.li@qgg.au.dk, tlf: +45 91886329
Bedømmelsesudvalg:
Professor Dominic Wright, Department of Physics, Chemistry and Biology (IFM), Lindköping Universitet, Sverige.
Lektor Yang Li, the Section of Genetic Medicine, University of Chicago, USA.
Professor Doug Speed (forperson), Center for Kvantitativ Genetik og Genomforskning (QGG), Aarhus Universitet, Danmark.
Hovedvejleder: Professor Goutam Sahana, Center for Kvantitativ Genetik og Genomforskning (QGG), Aarhus Universitet, Danmark.
Medvejleder:
Tenure Track Adjunkt Lingzhao Fang, Center for Kvantitativ Genetik og Genomforskning (QGG), Universitet, Danmark.
Lektor Zexi Cai, Center for Kvantitativ Genetik og Genomforskning (QGG), Aarhus Universitet, Danmark.
Sprog: Ph.d.-afhandlingen forsvares på engelsk

Forsvaret er offentligt.
Afhandlingen ligger til gennemsyn hos Graduate School of Technical Sciences (GSTS), Ny Munkegade 120, bygning 1521, 8000 Aarhus C