Aarhus Universitets segl

Statistisk genetik, filosofi og verden set gennem en 4-årigs øjne

PORTRÆT: For tenure track adjunkt Emre Karaman er hans fritid opvejet af alt andet end de tal, data og genetik, der optager hans forskning i statistisk genetik. Løbeture i de smukke bakker omkring Viborg, filosofi og genopdagelse af verden gennem sin 4-årige datters øjne tager det meste af hans tid, når han ikke er på kontoret. Han har netop modtaget den prestigefyldte Sapere Aude-bevilling som gives til særligt talentfulde, yngre forskere.

”- Jeg har ingen konti på de sociale medier," griner Emre til sidst i interviewet, da jeg fortæller ham, at jeg har ledt efter billeder af ham online til artiklen. "- Jeg har egentlig ikke brug for sociale medier..." Jeg svarer, at jeg synes, det er en klog beslutning, der er ikke mange, der er i stand til at være så standhaftige. Men på en eller anden måde går det hånd i hånd med hans holdning til livet: At genopdage verden med en 4-årig må være så meget sjovere end at bruge tid på sociale medier.

Med en uddannelsesmæssig baggrund i økonometri og dyrevidenskab tog Emre sin ph.d.-grad ved Akdeniz Universitet i Antalya i Tyrkiet. I 2016 blev han ansat ved Center for Kvantitativ Genetik og Genomforskning (QGG) i en postdoc stilling.

Hvad er en Sapere Aude-bevilling?

Sapere Aude-bevillingen gives til særligt talentfulde yngre forskere, som er parate til at lede flere deltagere i et forskningsprojekt på højt internationalt niveau.

Kilde: Danmarks Frie Forskningsfond

- Hvad fik dig til at vælge genetik og genomforskning?

“- Som statistisk genetiker har jeg altid været interesseret i at finde løsninger på udfordringer, der opstår i genetisk og genomisk forskning. Et spirende problem inden for dette forskningsfelt er, hvordan man håndterer genetisk blandede populationer. Hvis det ikke håndteres korrekt, for eksempel i human genetik, kan det føre til ineffektiv medicinering for patienter. I dyregenetik kan det føre til ineffektiv brug af genetiske ressourcer. Motiveret af denne udfordring er jeg blevet interesseret i at udvikle metoder til inklusion af genetisk blandede populationer i genomforskning. Mens jeg beskæftigede mig med dette, blev jeg opmærksom på videnskløften mellem forskningsfeltets nuværende tilstand og præcisionsmedicin/landbrug,” forklarer Emre Karaman.

- Hvorfor valgte du at søge en postdoc-stilling hos QGG og komme til Danmark?

“- Jeg havde også andre tilbud, da jeg kom, men Aarhus Universitet og QGG er et af de bedste steder, man kan arbejde inden for dette område [genetik og genomforskning]. Så det er faktisk hovedårsagen... jeg mener, det er et af de bedste universiteter i verden og i Europa."

Sapere Aude projektet

- I december 2020 skiftede du din postdoc-stilling hos QGG ud med en tenure track-stilling her, og nu har du modtaget en Sapere Aude-bevilling fra Danmarks Frie Forskningsfond cirka halvvejs inde i din tenure track-stilling. Det er noget af en bedrift. Hvad handler dit Sapere Aude-projekt om?

”- Genomisk forskning udføres i høj grad i populationer med en enkelt genetisk herkomst. På den anden side har populationer med flere forfædres genetiske oprindelse (genetisk blandede populationer) været stigende hos mange arter,” forklarer Emre.

- Kan du uddybe lidt, hvordan du definerer enkelt genetisk herkomst versus multipel genetisk herkomst?

"- Selvfølgelig," siger Emre og fortsætter:

"- Den multiple herkomst er, at hvis en population har mere end én forfaders genetiske oprindelse, hvis befolkningen for eksempel har haft en genetisk udveksling i fortiden, for eksempel en genetisk udveksling mellem europæere og afrikanere eller asiater, er det sådan, vi definerer - i det mindste i øjeblikket - befolkningerne. Så vi siger, at europæere er én befolkning, og afrikanere er én befolkning, asiater er én befolkning, og så videre,” forklarer han.

"- Og flere forfædres populationer er, når man har individer, der i deres linje har forfædre fra disse forskellige populationer. Så det er det, jeg kalder den multiple genetiske herkomst.”

- Så det er faktisk som en linje eller mange forskellige linjer?

"- Ja. Men jeg ville ikke kalde det linje... Nogle gange er det lidt vanskeligt at beskrive det i lægmandstermer..." Emre smiler og fortsætter:

"- Håndtering af genetisk blandede populationer kræver nye metoder og beregningsværktøjer, når man studerer forholdet mellem de gener, et individ har, og dets egenskaber. Det primære forskningsspørgsmål i mit Sapere Aude-projekt er, 'Hvordan udnytter og redegør man bedst for den genetiske diversitet blandt individer, som har flere forfædres genetiske oprindelse, i genomisk forskning?'. Projektet har til formål at slå bro over videnskløften mellem forskningsfeltets nuværende tilstand og præcisionsmedicin/landbrug, som jeg blev opmærksom på under min tidligere forskning.”

Hvad er en tenure track stilling?

Stillingen som adjunkt/forsker kan besættes som led i et tenure track-forløb, hvor den ansatte efter maksimalt 6 år overgår til en ansættelse som lektor/seniorforsker. Overgang forudsætter, at den ansatte bedømmes fagligt kvalificeret til lektor-/seniorforskerniveau.

(Fra Bekendtgørelse om stillingsstruktur for videnskabeligt personale ved universiteter (Retsinformation))

- Hvad er de videnskabelige udfordringer og perspektiver i dit projekt?

“- At forstå, hvordan forskelle på gen-niveau hænger sammen med forskelle på egenskabsniveau (for eksempel modtagelighed for sygdom) er en udfordrende opgave. State-of-the-art metoder inden for genomisk forskning antager, at gen-egenskab forholdet er lineært. Komplekse egenskaber er imidlertid et resultat af samspillet mellem flere gener. Så at antage, at et gen-egenskab forhold er lineært er fundamentalt forkert," uddyber Emre og fortsætter:

"- Disse multiple gener og deres interaktioner kan være mere ens blandt individer i den samme population sammenlignet med individer i forskellige populationer. Fordi individer i genetisk blandede populationer arver deres gener fra flere populationer, kan der opstå nye interaktioner. At udnytte disse interaktioner kræver nye metoder og beregningsværktøjer, som er fokus i dette projekt,” forklarer han.

- Hvilken effekt vurderer du, at dit projekt kan få for samfundet på længere sigt?

“- Resultatet af projektet vil facilitere forskning inden for præcisionsmedicin og præcisionslandbrug ved at levere nye metoder og værktøjer til forskere inden for disse forskningsområder. Ved at facilitere forebyggelsesstrategier baseret på mere nøjagtige sygdomsrisikomålinger, vil effektiviteten af ​​medicin kunne øges. Med et forventet potentiale for at øge nøjagtigheden af ​​selektion i landbruget, vil det hjælpe plante- og dyreavlere til yderligere at øge den genetiske gevinst. Så ikke alene kan øget genetisk gevinst hjælpe avlerne, men det kan også forbedre værdikæden i produktionssektoren og resten af ​​hele fødevaresektoren. Det vil bidrage til at øge output og kvalitet for de samme eller reducerede inputniveauer, hvilket svarer til millioner af euro. Og det vil resultere i, at forbrugerne drager fordel af forbedret effektivitet og lavere omkostninger, og miljøet vil få en fordel på grund af forbedret ressourceeffektivitet."

- Hvordan forventer du, at Sapere Aude-bevillingen vil påvirke din karriere som forsker?

“- Jeg er virkelig taknemmelig for at modtage denne meget prestigefyldte Sapere Aude-bevilling, som er et vigtigt skridt i min karriere. Bevillingen vil give mig mulighed for at blive selvstændig forsker og danne min egen forskergruppe, hvis fokus vil være på udvikling af nye tilgange til genomisk forskning med særligt fokus på blandede individer. Jeg tror på, at etableringen af ​​min egen forskergruppe inden for dette spirende forskningsfelt vil skabe resultater, der vil give mig og min gruppe, og dermed Danmark, mulighed for at fastholde vores førende position inden for statistisk og kvantitativ genetik”.

Verden set gennem et barns øjne

For den 41-årige statistiske genetiker er hans fritid alt andet end tal, data og genetik. Siden han flyttede fra Tyrkiet til Danmark med sin kone i 2016, har parret haft den store glæde at blive forældre til en lille pige. Emre er ved at genopdage verden sammen med hende og forsøger at være en god guide.

- Hvor gammel er din datter?

Det enkle spørgsmål tænder lys i Emres øjne:

"- Hun er fire et halvt år gammel."

- Hvordan genopdager du verden med hende?

"- Faktisk gør vi mange ting automatisk i vores liv, ikke?" Begynder han retorisk.

“- Så selv ting som at række ud efter en flaske eller læse eller spise, de er helt normale for os. Men når man ser på en baby, er alt nyt for dem. Så de vil bare gerne forstå. De forstår ikke bare alt. Det er en læreproces. Når du ser dem vokse, bemærker du, at de ting, du savner, eller du tror, ​​der er helt normale for dig, faktisk kunne være fantastiske for et barn. For de bliver virkelig forbløffede. Jeg mener, første gang de kan spise selv, eller de kan gå selv, eller de kan gøre ting, hvor du synes, at det er så nemt. Det er meget interessant. Du ved, der er mange ting, du skal værdsætte. Og man skal værdsætte det i sit liv. Når hun stiller mig gode spørgsmål, eller nogle gange er irriterende, hvis hun for eksempel retter mit danske.” Han holder en lille pause og fortsætter så:

“- Vi lærer rigtig mange ting af hinanden. Og at prøve at være et godt eksempel er den vanskelige del. For eksempel skal jeg spise ting, som jeg normalt ikke bryder mig om. For hun skal have et åbent sind. Den slags ting."

Den filosofiske vinkel

- Udover at bruge tid sammen med din datter, læser du filosofibøger, når du har tid. Hvilken slags filosofibøger læser du?

“- Jeg læser bare biografier, eller nogle gange hovedsageligt bøger om bestemte personer. For nogle gange læser jeg en bog, og så nævner de andre filosofier, og så bliver jeg interesseret i det citat for bedre at forstå, hvad vedkommende mener generelt. Jeg føler ikke, at jeg er så interesseret i én person specifikt, fordi de siger en masse ting, hvor jeg ikke tænker på samme måde. Nogle gange er det bare én del eller én vinkel, de har på forskellige ting, der er interessant.”

- Litteratur og filosofi er helt modsat, hvad du laver i dit professionelle liv. Er læsning af filosofi en modvægt til dit professionelle liv, hvor det handler om data og statistik?

"- Jeg synes ikke, det er rigtigt opstillet. Filosofi handler om at tænke og stille spørgsmål. Nogle gange er det ud over niveauet for generel tænkning. Og videnskaben motiveres af at tænke og stille spørgsmål. Du tænker over et problem, og du stiller spørgsmål. Så i filosofi, tror jeg, er det det samme princip. Du finder noget, finder et problem at tænke over. Ikke nødvendigvis et problem, men et eller andet emne at tænke grundigt over og stille spørgsmål til. Ikke generelle spørgsmål, men måske detaljerede spørgsmål. Det hjælper med, hvordan du griber et problem an, for nogle gange kan endda unødvendige og dumme spørgsmål føre til bedre tænkning. Og de hjælper dig med at nærme dig fra en anden vinkel."

De kulturelle forskelle

- Hvad er den største kulturforskel, du har oplevet ved at flytte til Danmark?

"- Kulturforskel?" Emre reflekterer et øjeblik og fortsætter så:

”- Jeg synes, at her er det professionelle liv og privatlivet meget respekteret, eller måske godt adskilt. De er mere sammenflettet i mit hjemland. Så dit privatliv er også formet af dit arbejdsmiljø og dine relationer der. Selvfølgelig har man et andet liv udenfor, men her synes jeg, det er mere professionelt og mere distinkt. Arbejdet er på arbejdet og privatlivet er privatlivet. Nogle gange vil du gerne kunne tale med en ven, der forstår situationen på arbejdet. Hvis du for eksempel har et dårligt møde, eller hvad det nu er... Det er hovedsagen. Men med tiden lærer man. Sådan er det. Enten accepterer du det, eller også går du bare. Det er bare sådan, det er,” siger Emre.

“- En anden ting er den respekt og tillid, folk har til hinanden. Fordi jeg voksede op med at være mistænksom over for alting. Men her, hvis du siger noget, stoler folk på dig, de tror på dig. Og så følger du samme princip. Du ved, at ingen vil snyde eller behandle dig på en anderledes måde. Det er en god forskel. Så det gør livet meget nemmere faktisk. At man ikke skal tænke på andre ting. Jeg føler, at livet er meget nemmere her."

"- Det sociale liv er for eksempel helt anderledes," siger Emre. “- Fordi du forlader alt. Alle dine relationer. Og så flytter du til et nyt land. Så det sociale liv er påvirket 100%. Men jeg tror, ​​at arbejdslivet er påvirket 100% på den modsatte måde. At finde den rette balance mellem det sociale liv og arbejdslivet er den mest udfordrende del. Fordi du har forbedret dit professionelle liv, men reduceret det sociale liv. Så du prøver bare at finde ud af, hvordan du også bringer det op. Det er den mest udfordrende del.”

- Det hører vi mange gange. Folk i Danmark er virkelig reserverede. Det er ikke nemt at få venner her...

"- Ja præcis! Så da Covid kom, sagde de 'du skal holde to meters afstand', ikke? Og overalt var der klistermærker og andre ting. Men det behøver man ikke i Danmark, for der er altid to meters afstand. Selv ude på gangen. Så vi har altid denne afstand,” joker Emre, inden han afslutter:

“- Der er kulturelle forskelle, men det er ikke altid negativt. Der er positive og negative ting.”

---

Denne portrætartikel er delvist baseret på baggrundssvar fra Emre Karaman til Danmarks Frie Forskningsfond.