Aarhus University Seal / Aarhus Universitets segl

Kort beskrivelse af programmet

Kort beskrivelse af programmet

Den genetiske model af basepopulationen, der understreger den genetiske sammensætning af de efterkommende generationer, kan baseres på en af følgende: 

  • en infinitesimal model, der imiterer en polygen sammensætning,
  • en finit-locus model, der imiterer individuelle gener og/eller genetiske markører, og 
  • en blandet arveforholdsmodel, der kombinerer den infinitesimale model med den for finit-locus.

Selektion er udført på enkelte eller komplekse træk, enten tilfældigt eller ved trunkering, eller optimal bidragsselektion baseret på et af følgende kriterier:

  • fænotype, 
  • BLUP (Best Linear Unbiased Prediction baseret på fænotype og stamtavleinformation), 
  • MA-BLUP (BLUP inklusive markørinformation), og 
  • GA-BLUP (BLUP inklusive identificeret geninformation).

Selektion kan udføres i en enkelt eller flere etaper indenfor køn, alder, besætning, fuldblodsfamilier eller populationer. Selektionskriterierne kan variere mellem etaperne.

Parring af de udvalgte dyr udføres i et hierarkisk eller faktorielt parringsdesign, idet et af følgende parringskriterier bruges: 

  • tilfældig, 
  • minimum-fællesafstamning (coancestry), og 
  • minimum fællesvarians (covariance) af afstamningsbidrag.

Parring finder sted indenfor eller på tværs af besætninger.

De resultater, der kan opnås, omfatter de sande og de estimerede avlsværdier for hvert tidstrin, den genetiske gevinst overordnet og for hvert træk, generationsinterval og prædiktionens nøjagtighed. Indavl baseret på stamtavleinformation og, eventuelt, indavl baseret på DNA-information inklusive længden af bestemte områder på genomet bliver også beregnet. Resultaterne vises som resumeer for alle dyr i hvert tidstrin, samt for hvert enkelt individ. Mængden af output er valgfri, da al data er gemt i hukommelsen og kan udskrives om nødvendigt.

ADAM er skrevet i Fortran 95 og er under kontinuerlig udvikling ved Center for Kvantitativ Genetik og Genomforskning ved Aarhus Universitet, Foulum. Programmet gør brug af andre programmer for specifikke procedurer: 'Randlib90' til generering af tilfældige tal, 'DMU6' release 4.5 til estimering af avlsværdier, 'EVA' til optimal bidragsselektion og 'IBD' til beregning af identitet-ved-afstamning (identity-by-descent) matricer  (Thomsen, 2006).

For yderligere information og detaljer, se venligst manualen.